Овчарки Румынии

*

Оффлайн St

  • 94
  • Пол: Мужской
    • Просмотр профиля
Овчарки Румынии
« : 11.08.2018 в 02:57 »


Румыния, страна в Восточной Европе. Если не сильно углубляться в историю, то галопом по периодам, можно отметить наиболее известные исторические наименования, связанные с ней. В первую очередь это Дакия или Дачия. Да, название популярной малолитражки Дачии Логан навеяно отсюда. Также можно вспомнить такой курьёзный момент, когда некоторые так называемые "фольк-историки", на основании фонетического созвучия, пытались обосновать уникальную сверхдревность казахского племени Адай, выводя его от древних Даков. Впрочем генетические исследования казахов последнего времени, показали, что Адаи, всё таки не выбиваются из племенного ряда Младшего Жуза. Затем по территории Румынии пронесли готы, гунны и другие племена во времена Великого переселения народов и уж совсем известное каждому киноману  название родины Графа Дракулы, Трансильвании также связано с этой небольшой страной, также как и Молдавия и Валахия. В современности, многим знакомо имя бесславно погибшего правителя Чаушеску.



Согласно источникам, 21% земель страны, занимает животноводство, надо думать в Средние века эта цифра была гораздо больше. Горы, плавные холмы, равнины имеют равное соотношение геофизического рельефа. Овцеводство распространено преимущественно на юго-восточных землях. И вот на этой территории, румыны создали как минимум 4 породы пастушьих собак, для защиты от хищников типа волка, рыси и бурого медведя:



1. Буковинская овчарка (Ciobănesc românesc de Bucovina)






Видео

2. Румынская карпатская овчарка (ciobănesc românesc carpatin)

Видео

3. Румынская чёрная овчарка (Ciobanesc  Corb)
Видео


4. Румынский Миоритик (Ciobănesc românesc mioritic)
Видео

Сайт ассоциации кинологов Румынии: http://ach.ro/site/index.php/en/

В процессе поиска информации, наткнулся на исследование ДНК национальных пород, проведённых румынскими учёными. Поскольку не было варианта на английском а тем более на русском, посчитал полезным заказать перевод с румынского Санкт-Петербургскому переводчику Марине Сухачевой. Считаю качество перевода достойным, так как Марина сама любитель собак и до этого уже имела опыт работы с биологическими и техническими терминами. Поэтому если у кого есть затруднения с румынским, милости прошу к ней, контакты есть. Либо присылайте мне, я сделаю. Вышлю электронной почтой если кого заинтересует перевод в Ворд и ПДФ формате.

Филогенетический анализ пород румынских овчарок
на основе последовательности митохондриальной ДНК
[/size]

Автор: Д-р Оливье Чакиру [Olivier Chakirou] (oli3400@yahoo.com)
Научный руководитель: Проф., д-р Августин Влайк [Augustin Vlaic]
Университет сельскохозяйственных наук и ветаринарной медицины Клуж-Напока

В настоящее время домашняя собака является самым распространенным видом псовых, мировая популяция которых насчитывает около 400 миллионов особей и имеет самое большое географическое распространение из всех видов домашних животных. Среди млекопитающих домашние собаки демонстрируют наибольшую природную морфологическую и поведенческую вариативность, даже при том, что развитие пород происходит в условиях четко определенных стандартов, так чтобы в рамках каждой породы сохранялись выраженные морфологические и поведенчес кие признаки. Всего в мире существует более 400 пород собак, что имеет важное экономическое значение.

Одним из направлений в исследовании псовых является изучение филогенеза и биоразнообразия, так как собаки демонстрируют наибольшее фенотипическую вариативность из всех млекопитающих. В рамках этих исследований изучается разнообразие пород, межпородные и межвидовые филогенетические связи псовых и, таким образом, устанавливаются общие гаплотипы и генетические расстояния. При этом, в Румынии имеются четыре породы овчарок (румынская карпатская овчарка, румынская буковинская овчарка, румынская миоритская овчарка и черная румынская овчарка), для которых до сих пор не проводились соответствующие исследования на уровне ДНК.

Целью настоящего исследования является анализ филогенетических связей автохтонных пород румынских овчарок, а также их связей с другими породами, для которых раннее проводились исследования на молекулярном уровне.

Поскольку митохондриальная ДНК, в отличие от ядерной, передается только по материнской линии, она представляет собой мощный инструмент для филогенетических исследований, так как мы имеем возможность проследить её передачу от самого начала и на всем протяжении эволюции. Кроме того, мт-ДНК, по сравнению с ядерной, представляет бóльшую вариативность и число мутаций, а также меньше подвержена рекомбинациям, что и делает её идеальной для филогенетических и филогеографических исследований.

Данная статья представляет собой часть более масштабного исследования пород овчарок на уровне мт-ДНК, полные результаты которого будут опубликованы в специальном издании по завершении работы.

Цели и задачи исследования

1. Получение и анализ последовательностей мт-ДНК для четырех пород румынских овчарок

В рамках этой задачи было проделано следующее:

•   
Были выбраны международные и национальные выставки собак, где выставляются породы румынских овчарок. Были отобраны особи конкретных пород, которые имеют официальную румынскую родословную и которые получили высокие судейские оценки.
•   
Для всех вышеупомянутых четырех пород румынских овчарок были взяты образцы крови.
•   
Из отобранных проб была извлечена мт-ДНК.
•   
Для румынской буковинской овчарки, румынской карпатской овчарки, румынской миоритской овчарки и черной румынской овчарки были выделены последовательности мт-ДНК.

2. Установление филогенетических связей пород румынских овчарок на основе последовательностей мт-ДНК

На этом этапе были построены филогенетические деревья, показывающие филогенетические связи между румынской буковинской овчаркой, румынской карпатской овчаркой, румынской миоритской овчаркой и черной румынской овчаркой, а также были установлены связи между автохтонными румынскими породами и другими породами, для которых в базе данных Genbank имеются нуклеотидные последовательности.

В рамках этой задачи было проделано следующее:

•   
Анализ нуклеотидных последовательностей для особей, относящихся к породам румынская буковинская овчарка, румынская карпатская овчарка, румынская миоритская овчарка методом выравнивания последовательностей мт-ДНК для представителей указанных пород по отношению к образцам последовательностей мт-ДНК для псовых, имеющихся в базе данных Genbank.
•   
На основании анализа последовательностей мт-ДНК были построены филогенетические деревья, отдельно для каждой породы овчарок.
•   
Для установления филогенетических расстояний, было проведено сравнение последовательностей мт-ДНК для румынской буковинской овчарки, румынской карпатской овчарки и румынской миоритской овчарки.

Для целей настоящей работы были выделены последовательности для 887 образцов митохондриального генома для четырех пород румынских овчарок: румынская буковинская овчарка, румынская карпатская овчарка, румынская миоритская овчарка и черная румынская овчарка. Последовательности содержат по одному сегменту цитохрома b, гена, кодирующего треонин-тРНК-ситетазу, гена, кодирующего пролил-тРНК-синтетазу, и фрагмент контрольного участка (от поз. 15259 до поз. 16146), поскольку для митохондриального генома именно эти фрагменты представляют наибольшую ядерную вариативность.

Материалы и методы

Забор образцов крови проводился в несколько последовательных этапов. Образцы крови брались во время выставок (клубных, национальных и международных) у особей, которые были допущены до соревнований. Выставки, где производились заборы крови, проходили в следующих городах: Арад, Бистрица, Рышнов, Альба-Юлия, Сучава, Рэдэуц и Клуж-Напока. Всего было отобрано 85 образцов крови от четырех пород румынских овчарок. Образцы крови помещались в ваккумные пробирки типа «вакутейнер», в пробу добавлялся антикоагулянт K2EDTA, после чего она помещалась в холодильную камеру. Поскольку для корректной статистической обработки и филогенетического анализа данных четырех собачьих популяций необходимо использовать образцы от особей, которые не являются родственными, мы не могли использовать для выделения последовательностей и анализа все собранные образцы, но только некоторые из них.

Выделение ДНК из собранных образцов крови для этих четырех пород румынских овчарок проводилось двумя способами: классическим способом и методом непосредственного выделения ДНК из крови с помощью соответствующего набора (extraction kit). Из всех всех собранных образцов ДНК выделялось обоими способами. Работы проводились в Лаборатории генетики животных на Факультете зоотехники и биотехнологии.


Жақсы ит малдан артық - Хорошая собака дороже скота (Казахская пословица)

*

Оффлайн St

  • 94
  • Пол: Мужской
    • Просмотр профиля
Овчарки Румынии
« Ответ #1 : 11.08.2018 в 03:04 »
Подготовка образцов мт-ДНК для выделения последовательностей проводилась следующим образом:

•   Количественное описание выделенных образцов ДНК.
•   Амплификация (увеличение числа копий) фрагментов ДНК методом ПЦР (полимеразной цепной реакции).
•   Очистка образцов.
•   Миграция образцов ДНК через агарозный гель и их последующая верификация при помощи ультрафиолетового излучения.
•   Формирование последовательностей мт-ДНК.

Результаты

Хроматографический анализ последовательностей образцов мт-ДНК для румынской буковинской овчарки (CB2), румынской карпатской овчарки (CC2) и румынской миоритской овчарки (CM2)


На основании образцов мт-ДНК были получены следующие нуклеотидные последовательности:

Нуклеотидная последовательность особи породы румынская буковинская овчарка

TTATATTTCACCATCTTATTGATCCTAATACCAACAGTTAGCGTTATCGAAAACAACCTTCTAAAATGAAGAGTCTTTGTAGTATAATCATTACCTTGGTCTTGTAAACCAAAAATGGAGAGTAACCGCCCTCCCTAAGACTCAAGGAAGAAGCTCTTGCTCCACCATCAGCACCCAAAGCTGAGATTCTTCTTAAACTATTCCCTGACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCTCCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGCCCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATTAACTCAATCTCATAATTCACTGATCTATCAACAGTAATCGAATGCATATCACTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTTGCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTACTATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTATTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATCTTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCCTAACGCAGTCAAATAACTTGTAGCTGGACTTATTCATTATCATTTATCAACTCACGCATAAAATCAAGG

Нуклеотидная последовательность особи породы румынская карпатская овчарка

CGGACAGTCGCTTCATCTTATATTTCACCATCTTATTGATCCTAATACCAACAGTTAGCGTTATCGAAAACAACCTTCTAAAATGAAGAGTCTTTGTAGTATAATCATTACCTTGGTCTTGTAAACCAAAAATGGAGGGTAACCGCCCTCCCTAAGACTCAAGGAAGAAGCTCTTGCTCCACCATCAGCACCCAAAGCTGAGATTCTTCTTAAACTATTCCCTGACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTTAGTATCTCCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGCCCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATTAACTCAATCTCATAGTTCACTGATCTATCAACAGTAATCGAATGCATATCACTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTTGCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTACTATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTATTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATCTTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCCTAACGCAGTCAAATAACTTGTAGCTGGACTTATTCATTATCATTTATCAACT

Нуклеотидная последовательность особи породы румынская миоритская овчарка

TTATCGGACAGTCGCTTCATCTTATATTTCACCATCTTATTGATCCTAATACCAACAGTTAGCGTTATCGAAAACAACCTTCTAAAATGAAGAGTCTTTGTAGTATAATCATTACCTTGGTCTTGTAAACCAAAAATGGAGAGTAACCGCCCTCCCTAAGACTCAAGGAAGAAGCTCTTGCTCCACCATCAGCACCCAAAGCTGAAATTCTTCTTAAACTATTCCCTGACACCCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCTCCAGGTAAACCCTTCTTCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGCCCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATCAACTCAATCTCATAATTCATTGATCTGTCAGCAGTAATCAAATGCATATCACTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTTGCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTACTATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACCTCAGGGCCATAACTCTATTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATTTGGTATCTTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCATCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGGATATGCCCGTCGCGGCCCTAATGCAGTCAAATAACTTGTAGCTGGACTTATTCATTATCATTTAT

Нуклеотидная последовательность особи породы черная румынская овчарка

TCGCTTCAATCTTATATTTCACCATCTTATTGATCCTAATACCAACAGTTAGCGTTATCGAAAACAACCTTCTAAAATGAAGAGTCTTTGTAGTATAATCATTACCTTGGTCTTGTAAACCAAAAATGGAGAGTAACCGCCCTCCCTAAGACTCAAGGAAGAAGCTCTTGCTCCACCATCAGCACCCAAAGCTGAGATTCTTCTTAAACTATTCCCTGACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCTCCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGCCCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATTAACTCAATCTCATAGTTCATTGATCTATCAACAGTAATCGAATGCATATCACTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTTGCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTACTATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTATTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAATGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATCTTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCCTAACGCAGTCAGATAACTTGTAGCTGGACTTATTCATTATCATTTATCAACTCACGCA




Жақсы ит малдан артық - Хорошая собака дороже скота (Казахская пословица)

*

Оффлайн St

  • 94
  • Пол: Мужской
    • Просмотр профиля
Овчарки Румынии
« Ответ #2 : 11.08.2018 в 03:07 »
Процентное содержание азотистых оснований для румынских пород овчарок


Полученные из образцов мт-ДНК для четырех пород овчарок нуклеотидные последовательности можно транслировать в соответствующие аминокислоты, в результате чего были получены следующие аминокислотные цепи:

Аминокислотная цепочка, соответствующая последовательности мт-ДНК для особи вида румынская буковинская овчарка
LYFTILLILMPTVSVIENNLLKW*VFVV*SLPWSCKPKMESNRPP*DS*KKLLLHHQHPKL*FFLNYSLTPLHSYIESPLLCYVSIS**TLLPSPMYVVH*WFAPCM*ACT*YYILT*DMLTQSHNSLIYQQ*SNAYHLVQ*GLNHHAS*NHQPLLVMSLFSLRAHTNVGVTIMKLYLASGSYF*AMTLFTPILLILANGTSRWTND*SAHDHT*LWCHASGIF*FLGGESAITHLRPQRH*L*LIFCSQGMCPSRP*RSQMTCSWTYSLSFINSRMKS*
Аминокислотная цепочка, соответствующая последовательности мт-ДНК для особи вида румынская карпатская овчарка
RTVASSYISPSYWS*YQQLALSKTTF*NEESL*YNHYLGLVNQKW*VTALPKTQG*SSCSTISTQSWDSS*TIPWHPYIHMLNHPYCAMLVSPGKPFSPPLCTSCINGLPHAYKHVHNIMSLH*TY*LNLMVHWSINSNRMHIT*SNKGLITMPRETINPCS*CPSSRSGPMLTWGLLSWNYTWHLVLTSGP*LYLLQSY*FSQMGHLDGLMTNQPMITHNCGVMHLVSFNF*GGNLLSLTYDRNGTNSNLSSAL*EYARRGPNAVK*LVAGLIHYHLST
Аминокислотная цепочка, соответствующая последовательности мт-ДНК для особи вида румынская миоритская овчарка
LSDSRFILYFTILLILMPTVSVIENNLLKW*VFVV*SLPWSCKPKMESNRPP*DS*KKLLLHHQHPKLKFFLNYSLTPPTFMYWITPTVLCQYLQVNPSSLPYVRRALMVCPMHMSMYMMLYPYMGHINSIS*FIDLSAVIKCMSLSPM*A*SPCLEKPSTLARNVPLLAPGPY*RGGYYHETMPGIWFLPQGHNSIYSNPTNSRKWDISMD*WLISPWSHMTVVSCIWYLLIF*GGICYHSSTTATALTLTYLLLSGDMPVAALMQSNNL*LDLFIIIY
Аминокислотная цепочка, соответствующая последовательности мт-ДНК для особи вида черная румынская овчарка
SLQSYISPSYWS*YQQLALSKTTF*NEESL*YNHYLGLVNQKW*VTALPKTQG*SSCSTISTQSWDSS*TIPWHPYIHMLNHPYCAMSVSPGKPFSPPLCTSCINGLPHAYKHVHNIMSLH*TY*LNLMVHWSINSNRMHIT*SNKGLITMPRETINPCS*CPSSRSGPMLTWGLLSWNYTWHLVLTSGP*LYLLQSY*FSQMGHLDGLMTNQPMITHNCGVMHLVSFNF*GGNLLSLTYDRNGTNSNLSSAL*EYARRGPNAV**LVAGLIHYHLSTHA
[/size]

Жақсы ит малдан артық - Хорошая собака дороже скота (Казахская пословица)

*

Оффлайн St

  • 94
  • Пол: Мужской
    • Просмотр профиля
Овчарки Румынии
« Ответ #3 : 11.08.2018 в 03:13 »
Филогенетический анализ


Филогенетическое дерево, построенное методом макимальной вероятности выравнивания BLAST нуклеотидной последовательности румынской буковинской овчарки и нуклеотидных последовательностей других крупных пород.


Филогенетическое дерево, построенное методом выравнивания BLAST нуклеотидной последовательности румынской карпатской овчарки и нуклеотидных последовательностей других крупных пород.


Филогенетическое дерево, построенное методом выравнивания BLAST нуклеотидной последовательности румынской миоритской овчарки и нуклеотидных последовательностей других крупных пород.


Филогенетическое дерево типа «присоединений соседей» (Neighbor-joining), построенное методом выравнивания BLAST нуклеотидной последовательности Чёрной румынской овчарки и нуклеотидных последовательностей других крупных пород.


Филогенетическое дерево по методу UPGMA, полученное путем множественного выравнивания ClustalW2 между нуклеотидными последовательностями румынских овчарок и других пород собак.

Заключение

Анализ дендрограмм для четырех пород румынских овчарок показывает, что каждая порода обладает генетическими свойствами, отличными от других пород.

Для румынской буковинской и черной румынской овчарок наблюдается наибольшая близость с иностранными породами, представленными в данном исследовании. И хотя можно наблюдать сходство фенотипов черной румынской овчарки и ньюфаундленда, в ходе BLAST-анализа по выравниванию последовательностей мт-ДНК выяснилось, что черная румынская овчарка генетически гораздо ближе к породам, значительно отличающимся от неё по физическим характеристикам, таким как питбультерьер, кокер спаниель, черный русский терьер и др.

Румынская буковинская овчарка показывает бóльшую генетическую близость с ньюфаундлендом, чем черная румынская овчарка. Хотя изначально предполагалась близость между румынской буковинской овчаркой и сенбернаром, нуклеотидные последовательности для этих двух пород демонстрируют больше различий, чем между румынской буковинской овчаркой и ньюфаундлендом.

На основании изученных образцов, наибольшие различия в поледовательностях мт-ДНК наблюдаются между румынской миоритской и румынской карпатской овчарками. Румынская миоритская овчарка генетически отличается от таких пород, как бобтейл (староанглийская овчарка), при том что эти породы обладают схожими физическими признаками.

На основании фенотипического сходства предполагается, что имеется связь между румынской карпатской овчаркой, крашской овчаркой и шарпланинцем, однако, пока эту гипотезу невозможно подтвердить, поскольку в настоящее время отсутствуют соответствующие исследования мт-ДНК для этих пород.

Для четырех пород румынских овчарок наблюдается постоянное изменение генов, что также подтверждается выравниванием нуклеотидных последовательстей, филогенетический анализ на основе последовательностей мт-ДНК показывает, что мы имеем дело не с четырьмя различимыми породами, которые обладают специфическими свойствами, но с результатами активной селекционной работы на основе стандартов, которая началась 20-30 лет назад.
Жақсы ит малдан артық - Хорошая собака дороже скота (Казахская пословица)

*

Оффлайн V

  • Global Moderator
  • 3583
  • Пол: Мужской
    • Просмотр профиля
Овчарки Румынии
« Ответ #4 : 11.08.2018 в 04:08 »
Спасибо!  :drink:
Очень смешные "филогенетические деревья"!

*

Оффлайн St

  • 94
  • Пол: Мужской
    • Просмотр профиля
Овчарки Румынии
« Ответ #5 : 11.08.2018 в 04:23 »
Спасибо! 
Очень смешные "филогенетические деревья"!
Не за что. Если будет возможность, хотелось бы почитать ваши комментарии к данной работе, или просто мысли.


Другие форумчане, тоже могли бы отписаться и задать интересующие их вопросы.

Например, смотря на этих овчарок разных по экстерьеру, мне видятся всё те же общие черты, которые проявляются также у длинношерстных пастушьих собак Казахстана. Из чего я делаю вывод, что когда то, от края до края на огромной территории начиная с  восточных рубежей Евразии и до Европы существовали примерно похожие  собаки.
Например, такого вот плана:
Жақсы ит малдан артық - Хорошая собака дороже скота (Казахская пословица)

*

Оффлайн V

  • Global Moderator
  • 3583
  • Пол: Мужской
    • Просмотр профиля
Овчарки Румынии
« Ответ #6 : 12.08.2018 в 04:04 »
Например, смотря на этих овчарок разных по экстерьеру, мне видятся всё те же общие черты, которые проявляются также у длинношерстных пастушьих собак Казахстана. Из чего я делаю вывод, что когда то, от края до края на огромной территории начиная с  восточных рубежей Евразии и до Европы существовали примерно похожие  собаки.
Например, такого вот плана:
Совершенно верно. Пастушьи приотарные собаки распространялись по Евразии, если можно так сказать, "послойно", волнами, да к тому же с обратными "приливами". И это была, пожалуй, самая первая "волна".